Фамилия Холма — редкий пример, где корень и окончание совпадают, а суффикса, привычного для русских фамилий, просто нет. В ней не слышно ни -ов, ни -ин, ни -ский. Это сразу выдаёт её возможное нерусское или искусственное происхождение, либо очень позднюю фиксацию, когда фамилию записали так, как услышали, без переделки в стандартную модель.

Первое, что приходит на ум — связь со словом «холм». Но тут загвоздка: в русской традиции фамилии от географических названий обычно оформлялись суффиксами. «Холмов» — понятно, «Холмский» — ясно. А «Холма» в чистом виде — это либо прозвище человека по месту жительства («живущий у холма»), но в родительном или именительном падеже, что для русского уха звучит нестандартно. Скорее всего, перед нами фамилия, пришедшая из языков, где такая форма нормальна.

Наиболее вероятная версия — украинское или белорусское происхождение. В этих языках фамилии без суффиксов встречаются чаще, особенно в западных регионах. «Холма» могло означать человека с холма, либо быть производным от прозвища Холма (по аналогии с «голова», «борода»). В украинском языке слово «холма» не является литературным, но в диалектах могло означать «возвышенность» или «бугор». Есть и другая, более редкая гипотеза: фамилия могла возникнуть от имени Холм — краткой формы от Холмогор, Холмский, но это уже гадание.

Вторая версия — еврейская. У ашкеназских евреев фамилии часто образовывались от названий мест в Германии, Австрии, Польше. Хольм (Holm) — распространённый топоним в немецкоязычных землях, означающий «остров» или «возвышенность». При переезде в Российскую империю фамилия могла записаться как Холма, без окончания. Эта версия имеет право на жизнь, особенно если носители фамилии встречаются в бывших черте оседлости.

География фамилии Холма сегодня размыта. Она встречается единично в России, на Украине, в Беларуси. Встречается и в странах Балтии, что может указывать на эстонские или латышские корни, где слово «холм» (kõlg, kalns) не имеет прямого отношения, а фамилия могла быть русифицирована при переписи.

Итог: фамилия Холма — не русская по модели, а скорее украинская, белорусская или еврейская. Её носители — потомки людей, которых либо прозвали по месту жительства у холма, либо записали при переходе из другой языковой среды. Точного ответа без генеалогического исследования не дать, но ясно одно: это нестандартная, «голая» форма, которая выбивается из привычных рядов.