Фамилия Холмогорцева напрямую рассказывает о том, откуда родом был её первый носитель. Это классическая «географическая» фамилия, образованная от прозвища Холмогорец, которое давали выходцу из известного села Холмогоры в Архангельской области. Суффикс -цев указывает на принадлежность: потомок Холмогорца становился Холмогорцевым, а его жена или дочь — Холмогорцевой.

Само название села таит в себе неожиданный сюрприз. Несмотря на привычное русскому уху сочетание «холм» и «горы», этимология здесь древнее и финно-угорская. Исследователи возводят его к финским словам kalma («смерть, могила») и kari («утес»). То есть древнее именование Холмогоры можно буквально трактовать как «утес смерти» — суровое имя для сурового северного края. Позже народная этимология переосмыслила непонятное название в более знакомые «холмы» и «горы».

История этих мест полнится событиями, которые могли стать причиной переселений и, как следствие, появления прозвища. Первая деревянная крепость новгородцев появилась здесь в конце XIV — начале XV века, а в 1613 году выстроили четырёхугольный деревянный кремль с пятью башнями, который успешно выдержал осаду польско-литовского войска. Холмогоры были важным торговым узлом: уже в 1492 году отсюда вышел в Данию морской караван с зерном для европейских рынков. Кроме того, село знаменито как центр старинного русского промысла — резьбы по кости.

Прозвище Холмогорец, скорее всего, закрепилось за человеком, который ушёл из этих мест и поселился в другом краю. Такой способ идентификации был естественным для Руси: чужака называли по месту, откуда он пришёл. Со временем прозвище перешло в фамилию, закрепившись за потомками. Таким образом, современная фамилия Холмогорцева — это не просто семейное имя, а короткая запись о миграции предка с берегов Северной Двины в другие земли.