Фамилия Холмогоров восходит к названию села Холмогоры, расположенного в Архангельской области. Село Холмогоры, известное с XIV в., первоначально писалось как Колмогоры. Скорее всего, предок обладателя этой фамилии долгое время жил в этом селе. Указание на происхождение фамилии встречается в исторических документах: «Ивашко Калинин сын Колмагорец родом колмагорец». В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Холмогорец, со временем получил фамилию Холмогоров.