Фамилия Холмогорцев происходит от древнейшей формы славянских фамильных прозвищ, образованных от географического названия местности, выходцем из которой являлся один из предков. Фамилия Холмогорцев образована от прозвища Холмогорец. Оно восходит к топониму Холмогоры, известному также как Колмогоры. Так называется село в архангельской области, известное с XIV века. Этимология древнерусского именования Холмогоры восходит к финским существительным kalma со значением «смерть, могила» и kari, переводящемуся как «утес». Таким образом, существительное «холмогоры» можно трактовать как «утес смерти». Первая деревянная крепость новгородцев в Холмогорах появилась в конце XIV — начале XV века. В 1613 году был выстроен четырёхугольный деревянный кремль с пятью башнями, который успешно выдержал осаду польско-литовского войска. В 1492 году из Холмогор вышел в Данию морским путём караван с зерном для продажи на европейских рынках. Холмогоры также известны и знамениты как центр старинного русского народного художественного промысла – резьба по кости. Вероятно, прозвище Холмогорец указывает на место проживания его обладателя. Так могли назвать того, кто был выходцем из села Холмогоры. В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Холмогорец, со временем получил фамилию Холмогорцев. О точном месте и времени возникновения фамилии Холмогорцев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Холмогорцев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.