Фамилия Холомеенкова — женская форма фамилии Холомеенков, и её разбор стоит начать с суффикса, который сразу выдает её происхождение. Суффикс -енк- (в мужском варианте -енко) типичен для украинской ономастики и указывает на формирование фамилий в среде казачества и крестьянства Левобережной Украины, Слобожанщины и южных регионов России. В отличие от распространённых -ов/-ев или -ин, эта модель означает «сын» или «потомок», то есть Холомеенков — буквально «сын Холомея».

Основа фамилии — прозвище Холомей. Это народная, диалектная форма имени Еремей, которое восходит к древнееврейскому Иеремия (др.-евр. «возвышенный Богом»). В русских и украинских говорах имя Еремей часто трансформировалось: Еремей → Ерема → Холома, Холомей. Переход «Е» в «Хо» — результат аканья и местных фонетических процессов, когда начальный звук мог озвончаться или заменяться на более твердый. Таким образом, Холомей — это не отдельное слово, а вариант христианского имени, закрепившийся в быту.

Здесь есть и вторая, менее вероятная версия, которую стоит упомянуть для полноты. В некоторых говорах «холомей» могло означать «холостяк» или «бобыль» (от «холом» — пустой, незанятый). Но эта гипотеза слабая: в украинских и южнорусских диалектах такое значение не фиксируется, а прозвища от имени встречаются гораздо чаще. Поэтому версия с именем Еремей — основная и правдоподобная.

География фамилии Холомеенков (и Холомеенкова) сосредоточена в основном в Курской, Белгородской и Воронежской областях, а также на востоке Украины — в Сумской и Харьковской областях. Это как раз зона, где украинская модель -енко смешалась с русскими фамильными окончаниями. Носители фамилии в XIX веке чаще были государственными крестьянами или однодворцами — потомками служилых людей, которые охраняли южные границы. Социальный статус был невысоким, но фамилия не была редкой: в Курской губернии, например, она встречалась в нескольких уездах.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Холомеев, Холомейцев, Еремеев — показывает, что Холомеенков стоит особняком: суффикс -енко указывает на более позднее и локальное образование, возможно, в среде казачества, где подчеркивали родство по отцу. В отличие от фамилий на -ов, которые могли закрепиться за боярами или дворянами, Холомеенков — это фамилия простого человека, чье прозвище-имя передалось потомкам без изменений.