Фамилия Холопенкова — женская форма, мужской вариант — Холопенков. В основе лежит слово «холоп», но не спешите с выводами: в русских фамилиях эта основа не обязательно указывает на крепостное состояние предка. Слово «холоп» в древнерусском языке имело два основных значения: несвободный человек, слуга, и — в более позднем, переносном смысле — почтительное обращение нижестоящего к вышестоящему, вроде «ваш холоп». Фамилия могла закрепиться не за самим холопом, а за человеком, который служил «в холопах» — то есть был вольным, но нанялся в услужение по договору, что в XV–XVII веках было обычной практикой.

Суффикс -енков указывает на восточно-украинское или южнорусское происхождение. Это патронимическая модель, распространённая на территории бывшего Слобожанщины, Курской, Воронежской, Белгородской губерний. Холопенко — это сын или потомок человека по прозвищу Холоп. Форма на -ков (Холопенков) — результат обрусевания украинской фамилии, когда к основе Холопенко добавили русский суффикс принадлежности -ов. Таким образом, фамилия прошла двойную словообразовательную обработку.

Есть и более редкая версия: прозвище Холоп могло относиться к человеку с угодливым, льстивым характером — «холопствовать» значило унижаться ради выгоды. В этом случае фамилия — не социальный ярлык, а характеристика поведения, как, например, Бояринов или Князев не всегда означали реальное происхождение от бояр и князей.

В документах фамилия встречается с XVIII века. В ревизских сказках Курской губернии за 1782 год упоминаются однодворцы Холопенковы — государственные крестьяне, потомки служилых людей по прибору, которые несли сторожевую службу на южных рубежах. Это косвенно подтверждает, что фамилия сложилась в среде вольных, а не крепостных людей.