Фамилия Холуднёва — женская форма фамилии Холуднёв, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса, который сразу выдаёт географию. Суффикс -нёв встречается реже, чем привычные -ов или -ев, и характерен для северных и северо-восточных говоров русского языка, особенно для территории бывшей Вологодской губернии и Заонежья. Если бы фамилия образовалась в центральной России, она, скорее всего, звучала бы как Холудов или Холудьев. Форма на -нёв указывает на прозвище, в основе которого лежит прилагательное или существительное с суффиксом -ун или -ут, что типично для диалектной лексики.

Корень «холуд-» — тёмный и спорный. Самая прямая версия связывает его с диалектным глаголом «холудить» — в некоторых говорах это значило «очищать, обдирать, снимать кору» (например, с дерева или с рыбы). Тогда прозвище Холудень мог получить человек, занимавшийся таким ремеслом: лесоруб, кожевник, рыбак, который чистил улов. Вторая версия — от слова «холуда» или «холудка», которое в архангельских говорах означало «мелкая рыба, мелочь» (например, снетки или мелкая плотва). В этом случае прозвище носило бытовой или даже насмешливый характер: так могли назвать невысокого или худощавого человека, либо того, кто промышлял ловлей такой рыбы.

Менее вероятна, но всё же возможна связь с тюркскими корнями. В тюркских языках есть слово «холуд» (или близкое «калут») — «сильный, могучий». Но для русского Севера, где фамилия встречается чаще всего, тюркское влияние маловероятно, и эта версия выглядит натянутой. Ономастические справочники (например, работы Б. Унбегауна по русским фамилиям) не выделяют Холуднёва в отдельную статью, но модель на -нёв подробно разбирается как севернорусская.

Таким образом, предок носительницы фамилии Холуднёва, скорее всего, жил в северной деревне и имел прозвище Холудень — либо по занятию (чистильщик, обдирщик), либо по внешности или роду деятельности, связанной с мелкой рыбой. Фамилия не дворянская и не купеческая — она из крестьянской или посадской среды, где прозвища возникали из повседневного быта.