Фамилия Холякова — женская форма, а мужская — Холяков. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Холяк. Слово «холя» в русских говорах означало «нега», «довольство», «вольготная жизнь». Отсюда холяк — человек, живущий в достатке, избалованный, холёный. Однако у слова есть и другой оттенок: в некоторых диалектах «холя» — это опрятность, чистоплотность. Так что прозвище могло достаться и аккуратному хозяину.

Суффикс -ов в фамилии Холяков — стандартный патронимический, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Холяка). Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков, когда прозвища активно переходили в наследственные именования.

Фамилия встречается в центральных областях России, особенно в бывшей Рязанской губернии и на Верхней Волге. Встречаются однокоренные варианты: Холявин, Холяев, Холякин. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — Холяко́в, хотя в некоторых говорах могли произносить и Хо́ляков.

Версия о связи с южнославянским «холява» (голень, сапожная заготовка) маловероятна для северных и центральных областей России. Правдоподобнее всего — бытовое прозвище по характеру или образу жизни. Предок Холяковых вполне мог быть человеком, который «холил» себя, любил чистоту и достаток, либо, напротив, получил прозвище с иронией — за излишнюю изнеженность.