Фамилия Холюков берет свое начало от глагола «холить», т.е. «ухаживать, заботиться о ком-нибудь», и, скорее всего, предок носителя этой фамилии имел прозвище Холя. Согласно другой гипотезе, которая представляется менее вероятной, фамилия Холюков восходит к мирскому мужскому имени Холя, которое обычно на Руси имело значение «баловень, неженка, холеное дитятко». Скорее всего, фамилия Хорлюков изначально возникла на территории Украины или Белоруссии, о чем свидетельствует характерный суффикс -еюк. Со временем, вероятно, род Холюк переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Холя, со временем получил фамилию Холюков.