Фамилия Холенко — один из примеров украинской модели образования фамилий, где суффикс -енко указывает на происхождение по отцу. Такие фамилии традиционно означали «сын такого-то» или «потомок». В основе лежит прозвище Холеный или Холя, которое могло относиться к человеку, привыкшему к заботе, опеке, жившему в достатке и не знавшему тяжёлого труда. В украинском языке слово «холений» означает «ухоженный», «изнеженный», а «холя» — забота, уход. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, получил прозвище за внешний вид или образ жизни: его считали «барчуком», баловнем, который не работал в поле, а выглядел опрятно и гладко.

Впрочем, не исключён и другой, более редкий вариант: связь с диалектным глаголом «холить» в значении «чистить, скрести» — так могли прозвать человека, который занимался уборкой, выхаживал скот или наводил порядок. Но эта версия менее вероятна, потому что фамилии на -енко чаще образуются от прозвищ, описывающих личные качества, а не профессии.

С географической точки зрения фамилия Холенко распространена преимущественно на востоке Украины и в южных областях России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках. Встречается также в Беларуси, но реже. Сословно фамилия не была дворянской: её носителями были казаки, мещане и крестьяне, а суффикс -енко в малороссийской среде как раз и указывал на непривилегированное происхождение.

Интересно, что в русском языке фамилия могла трансформироваться в Холенов — это более «обрусевшая» форма, где суффикс -ов заменил украинский -енко. Если встретите Холенко, то почти наверняка перед вами потомок украинского рода, а не великорусского. В написании фамилии путаницы почти не бывает: она всегда пишется через «о» в корне, хотя в бытовой речи иногда ошибочно произносят «Халенко».