Фамилия Холюкова — женская форма, а в основе лежит мужская фамилия Холюков. Её ядро — прозвище Холюк. Сразу бросается в глаза редкий суффикс -юк, характерный для западнорусских, украинских и белорусских земель. В отличие от массовых -ов/-ев, -ин, суффикс -юк в русских фамилиях встречается реже и часто указывает на регион происхождения: юго-западные области России, Смоленщина, Брянщина, а также Украина и Беларусь.

Что могло значить прозвище Холюк? Вероятнее всего, оно образовано от глагола «холить» — заботливо ухаживать, лелеять, нежить. Холюком в народе могли назвать изнеженного, избалованного человека, «маменькиного сынка», того, кого слишком опекали. В диалектах встречается слово «холя» — забота, ласка, а также «холёный» — ухоженный. Прозвище могло даваться иронично — либо как насмешка над барским сынком, либо, наоборот, как ласковое домашнее прозвище.

Менее вероятная, но возможная версия — связь со словом «холка» (задняя часть шеи у животных). Тогда Холюк — человек с толстой или заметной холкой, то есть прозвище по внешнему признаку. Но эта версия слабее: слово «холка» редко становилось основой для личного прозвища, а вот глагольная основа «холить» даёт больше однокоренных фамилий (Холин, Холёв, Холяев).

Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская. В дореволюционных переписях Холюковы встречаются в южных уездах России, особенно в Курской и Воронежской губерниях, а также среди казачества. Сословно — чаще однодворцы или государственные крестьяне. Сегодня фамилия редкая, в основном сохранилась в тех же регионах: Курская, Белгородская, Воронежская области, а также в украинском пограничье.

Таким образом, Холюкова — фамилия, которая буквально рассказывает о предке: о человеке, которого в деревне дразнили за излишнюю изнеженность или, напротив, называли ласково за то, что он был «холёным», ухоженным. Суффикс -юк прочно привязывает фамилию к южнорусскому или украинскому говору.