Мужское крестильное имя Фома в переводе с арамейского означает «близнец». В основу фамилии легла производная форма этого имени – Хомяня (Фома < Хома < Хомяня). Согласно другой гипотезе, фамилия Хомянин образована от мирского имени Хомяня, восходящего к распространенному в вятских говорах глаголу «хомкать» - «кашлять». В данном случае, надеясь иметь здорового мальчика, родители назвали его Хомяней. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Хомяня, со временем получил фамилию Хомянин.