Фамилия Хомягин — наглядный пример того, как прозвище, данное человеку, закрепилось за его потомками. Её основа — слово «хомяга», и здесь есть два основных пути происхождения, и оба ведут в крестьянскую или ремесленную среду.

Первый и самый прямой вариант: «хомяга» — диалектное или просторечное название хомяка. В русских говорах суффикс «-яга» часто придавал слову экспрессивный, иногда пренебрежительный или шутливый оттенок (сравните: «бродяга», «растяпа», «бедняга»). Прозвище Хомяга могли дать человеку за внешнее сходство — круглолицему, медлительному или запасливому, кто любил «заначивать» припасы. Такие прозвища на Руси были обычным делом: они не столько оскорбляли, сколько метко описывали человека.

Второй, менее очевидный, но вполне реальный вариант: «хомяга» могло быть искажением слова «хомут» или относиться к ремеслу хомутника. Хомягами в некоторых регионах называли мастеров, делавших конскую упряжь (хомуты). Если предок Хомягиных занимался этим ремеслом, прозвище могло перейти в фамилию по профессиональному признаку. Однако в ономастических словарях (например, в работах В. А. Никонова) чаще указывают на зооморфное происхождение как на основное.

Модель образования типична для русского севера и центра: суффикс «-ин» указывает на принадлежность («чей?» — Хомягин сын, то есть сын Хомяги). Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская. Встречается преимущественно в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — как раз там, где диалектные формы слов дольше сохранялись в обиходе.

Интересная деталь: фамилия довольно редкая. В дореволюционных переписях она не была массовой, что говорит о локальном происхождении — от одного конкретного прозвища в определённой местности. Это не фамилия «по отцу» от крестильного имени, а именно прозвищная, что делает её историю более живой и конкретной.