В основе прозвища лежит нарицательное «хомяк» — «полевой зверек с долгим периодом спячки». Поэтому Хомяком нередко называли соню, лежебоку, а также ленивого и запасливого человека. Фамилия Хомяков зафиксирована в документах XVI в.: Иван Данилович Хомяков, боярин, 1524 г.; Борис Хомяков, 1531 г. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Хомяк, со временем получил фамилию Хомяков.