Фамилия Хомяков — одна из тех, что образованы от прозвища, а не от имени или профессии. В её основе лежит нарицательное «хомяк» — полевой зверёк, известный долгим периодом спячки. Это сравнение дало прозвище Хомяк человеку сонливому, лежебоке, а также тому, кто отличался ленью или, наоборот, чрезмерной запасливостью. Точное значение зависело от того, какая черта сильнее бросалась в глаза окружающим.

Словообразовательная модель проста и типична для русских фамилий: к прозвищу Хомяк добавили притяжательный суффикс -ов, который отвечал на вопрос «чей?». Хомяков — значит «сын Хомяка», «потомок Хомяка». Такая модель в XV–XVII веках была самой массовой: от прозвищ и мирских имён она породила тысячи фамилий, и Хомяков в этом ряду стоит рядом с Соколовым, Волковым или Зайцевым.

Любопытно, что фамилия зафиксирована в документах очень рано — ещё в XVI веке. Известны Иван Данилович Хомяков, боярин, упомянутый в 1524 году, и Борис Хомяков, попавший в бумаги 1531 года. Это говорит о том, что прозвище не считалось обидным или снисходительным: его носили люди привилегированных сословий, а не только крестьяне. Для боярской среды XVI века прозвища с животным смыслом были обычным делом — они подчёркивали характер, внешность или привычки человека.

Отдельного внимания заслуживает то, что фамилия сохранила историческое написание с буквой «о» в корне, хотя в живой речи её часто произносят как «Хамяков». Такое «аканье» свойственно южнорусским говорам, но письменная форма осталась верна исходному слову «хомяк». Это своего рода застывший след древнего произношения.

Если говорить о родственных фамилиях, то Хомяков не одинок. От того же корня пошли Хомяк, Хомячкин, Хомячков, а в украинской традиции — Хомяченко. Но именно форма на -ов закрепилась в русской среде и получила наибольшее распространение. Сегодня она встречается по всей стране, хотя историческое ядро, судя по ранним документам, связано с центральными землями Московского государства.