Фамилия Хомяковская — это женская форма фамилии Хомяковский, а та, в свою очередь, принадлежит к типично польско-украинской модели на -ский/-цкий. Если в русских фамилиях суффикс -ов/-ев указывал на принадлежность отцу («чей сын?»), то суффикс -ский в славянском мире чаще всего означал «выходец из местности» или «владелец поместья». Поэтому Хомяковский — это дворянский или шляхетский вариант, а Хомяковская — его женский аналог.

Корень у фамилии прозрачный — «хомяк». Однако в прозвищах это слово редко относилось к самому грызуну. В русских говорах «хомяком» называли медлительного, упитанного человека, а также домоседа (по аналогии с запасливым зверьком, который редко выходит из норы). В украинском языке «хом’як» могло звучать иронично — как прозвище для ворчливого или нелюдимого человека. Таким образом, первый носитель фамилии Хомяковский мог получить прозвище Хомяк за характер или внешность, а его потомки, оформив фамилию по шляхетскому образцу, подчеркнули уже не прозвище, а статус: «из рода Хомяков».

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям, где была распространена модель на -ский (Волынь, Подолье, Гродненщина). Встречается и топонимическая версия: в Польше и Беларуси есть несколько мелких поселений с названием Хомяково или Хомякув, от которых жители брали фамилию по месту рождения. В таком случае Хомяковский — не прозвище, а указание на родину: «приехавший из Хомякова».

Стоит отметить, что в дореволюционной России фамилии на -ский часто давали учащимся духовных семинарий, меняя «народные» фамилии на более благозвучные. Выходец из семьи Хомяковых мог стать Хомяковским при поступлении в семинарию, чтобы звучало «учёнее». Однако это лишь одна из версий — для точного вывода нужно знать, в какой губернии жили предки.