Фамилия Хомягина — женская форма фамилии Хомягин, а та в свою очередь образована от прозвища или мирского имени Хомяга. В русской традиции фамилии на -ин/-ын обычно возникали от основ, оканчивающихся на -а/-я: сначала говорили «чей сын?» — «Хомягин», то есть сын Хомяги. Здесь тот же принцип, что в фамилиях Пушкин (от Пушка) или Козьмин (от Козьма).

Корень «хомяг-» — вариант слова «хомяк». В старых говорах «хомягой» называли не только самого зверька, но и человека, который, как хомяк, запаслив, домовит, любит набивать закрома. Однако у слова мог быть и переносный смысл: так дразнили нелюдимого, угрюмого или неопрятного человека — того, кто «сидит в норе» и прячет добро. В словаре В. И. Даля «хомяк» и «хомяга» значатся как синонимы, причём последнее слово зафиксировано в южнорусских и рязанских говорах.

Именно география подсказывает, где фамилия встречалась чаще. По данным переписей XIX века, Хомягины — крестьянский род из Рязанской, Тамбовской и Тульской губерний. В этих краях хомяков водилось много, и прозвище Хомяга было обычным для деревенского быта: его давали без злого умысла, просто по внешнему сходству или привычке. Фамилия не принадлежала дворянству — это типичная «крестьянская» фамилия, образованная от мирского имени-прозвища, которое не попало в святцы.

Написание «Хомягина» с буквой «г» отличает её от более редких вариантов вроде Хомякина (от Хомяка) или Хомякова (от Хомяк). Суффикс -ин указывает на прямое родство: Хомягин — буквально «сын Хомяги». Если встретите фамилию в мужском роде (Хомягин), знайте: её носитель, скорее всего, потомок того самого запасливого или нелюдимого крестьянина из центральной России.