Фамилия Хомячкин звучит почти как уменьшительно-ласкательное, и это прямо указывает на её происхождение. В основе фамилии лежит не взрослый хомяк, а именно «хомячок» — так на Руси могли прозвать маленького, кругленького, упитанного человека, который чем-то напоминал этого зверька. Слово «хомяк» в русских говорах имело и переносное значение: медлительный, сонный или запасливый человек. Прозвище Хомячок давали детям или невысоким людям, и со временем оно превратилось в фамилию с помощью типичного русского суффикса принадлежности -ин. Суффикс -ин в фамилиях указывает на «чей?»: Хомячкин буквально означает «сын Хомячка» или «человек из рода Хомячков».

Интересно, что фамилия образована не от прямой формы «хомяк», а от уменьшительной. Если бы предка звали просто Хомяк, мы бы получили фамилию Хомяков — одну из самых распространённых «звериных» фамилий в России. Хомячкин встречается гораздо реже, и это делает её более локальной и конкретной. Скорее всего, фамилия закрепилась в тех регионах, где прозвищная форма «Хомячок» была употребительна в быту — в центральных и северных губерниях России.

Слово «хомяк» — древнее, общеславянское, родственное литовскому «širmuõ» (серый) и, возможно, восходящее к тому же корню, что и «хомут». Но в случае с Хомячкиным мы имеем дело не с древним тотемным именем, а с бытовым прозвищем, которое давали по внешности или характеру. Фамилия не указывает на дворянское или крестьянское происхождение — такие прозвищные фамилии в равной степени встречались у крестьян, мещан и купцов.

В написании фамилии возможна путаница: некоторые носители могли записываться как ХомячкИн (с ударением на «и»), но по правилам русской орфографии ударение в фамилиях с суффиксом -ин обычно падает на основу — Хомячкин. Встречаются и варианты с двойным «к» (Хомячкинн), но это уже ошибки при записи в документах. В целом, фамилия Хомячкин — редкий и колоритный пример того, как прозвище, данное за внешнее сходство с грызуном, превратилось в устойчивый родовой знак.