Фамилия Хомячков — это классический пример русской фамилии, образованной от мирского имени, и её происхождение напрямую связано с названием небольшого полевого зверька — хомяка. В основе лежит уменьшительная форма Хомячок, которую давали ребёнку не случайно: по языческим представлениям, называя младенца «звериным» именем, родители словно «представляли» его природе, чтобы она приняла его как своего. Считалось, что вместе с именем ребёнку передадутся и полезные качества животного — хозяйственность, запасливость, домовитость.

Впрочем, есть и другая, более прозаичная версия. Хомячком на Руси могли прозвать и взрослого человека, например, любителя подольше поспать или того, кто вёл замкнутый, «спящий» образ жизни. Соня, домосед — такое прозвище вполне могло закрепиться за человеком и перейти к его потомкам в виде фамилии. Обе версии имеют право на существование, но первая — с мирским именем — выглядит правдоподобнее: имена-обереги от зверей были широко распространены в домонгольской Руси и дожили аж до XVII века.

Родственные именования встречаются в исторических документах. С. Б. Веселовский в своих трудах упоминает князя Ивана Даниловича Хомяка Пенкова, ярославского боярина (1524 год), Степана Хомяка Бундова (1562 год) и Бориса Хомякова, жившего в первой половине XVI века. Эти записи показывают, что основа фамилии — Хомяк — бытовала в среде как знати, так и простых служилых людей, а значит, фамилия Хомячков могла возникнуть в разных регионах независимо друг от друга.

Суффикс -ов в окончании указывает на типичную притяжательную модель: Хомячков — значит «сын Хомячка». Это одна из самых распространённых словообразовательных схем русских фамилий, что ещё раз подтверждает: перед нами не случайное прозвище, а устоявшееся родовое именование, закрепившееся за потомками к концу XVI — началу XVII века, когда процесс формирования фамилий в центральной Руси шёл особенно активно.

Точное место и время возникновения конкретно фамилии Хомячков установить сложно — такие фамилии часто возникали параллельно в разных уездах, и письменные источники фиксируют их с опозданием. Но сам факт, что фамилия дожила до наших дней в форме Хомячковы, а не превратилась в более короткую Хомяковы, говорит о том, что предки носителей дорожили именно уменьшительной, «домашней» формой имени, что косвенно подтверждает её мирское, а не прозвищное происхождение.