Фамилия Хомячкова образована от мирского имени или прозвища Хомячок — так в старину называли человека, чьей основой послужило название небольшого полевого зверька, хомяка. Давая младенцу такое имя, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, и чтобы к нему перешли полезные качества, которыми наделен хомяк: запасливость, хозяйственность, домовитость. Впрочем, не исключено, что прозвище Хомячок закреплялось и за взрослым — так иногда называли соню, человека, который любит долго поспать.

Сама фамилия построена по типичной для русских фамилий модели: к основе на согласный добавляется суффикс -ов, а форма Хомячкова — это женский вариант от Хомячков. Родственные именования встречаются в исторических документах: у С. Б. Веселовского записаны князь Иван Данилович Хомяк Пенков, ярославский боярин (1524 год), Степан Хомяк Бундов (1562 год), а также Борис Хомяков, живший в первой половине XVI века. Эти записи показывают, что прозвище Хомяк не было редким и бытовало в разных слоях общества — от бояр до простых людей.

Интересно, что уменьшительная форма Хомячок, легшая в основу фамилии, встречается реже, чем сама форма Хомяк. Это может говорить о том, что фамилия Хомячков возникла в среде, где было принято называть человека ласкательно, или же что ее родоначальник выделялся небольшим ростом или юным возрастом, когда получил свое прозвище. Потомок человека с именем Хомячок со временем получил фамилию Хомячков, которая сегодня звучит как Хомячкова у женщин.