Фамилия Хотунцова — женская форма фамилии Хотунцов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Хотун. Основа здесь — глагол «хотеть» в его древнерусском значении «желать, стремиться». Суффикс -ун в русских прозвищах типичен для характеристики человека по действию или склонности: хотеть — Хотун (тот, кто постоянно чего-то хочет, нетерпеливый или амбициозный). Сравните с другими фамилиями той же модели: Бегун, Шептун, Крикун, Ворчун. Все они описывали поведение или характер.

Дальше работает стандартная восточнославянская патронимическая модель: к основе Хотун добавился суффикс -ов, образующий фамилию со значением «сын Хотуна» — Хотунцов. То есть Хотунцовы — потомки человека по прозвищу Хотун. Женская форма Хотунцова, соответственно, означает «дочь или жена Хотунцова».

Интересно, что в отличие от фамилий на -ин (которые часто идут от основ на -а/-я), модель на -ов/-ев здесь недвусмысленно указывает на мужское прозвище с твёрдым окончанием. Географически фамилия редкая и, судя по доступным данным, тяготеет к южнорусским областям и, возможно, к казачьим территориям — там подобные «характерологические» прозвища встречались чаще, чем в северных говорах. Встречается также вариант Хотунцев (с мягким суффиксом), что может указывать на диалектные различия в произношении: где-то говорили Хотун, а где-то Хотунец.

О том, кем был первый Хотун, можно только гадать: прозвище могло закрепиться за человеком нетерпеливым, настойчивым, а возможно, иронично — за тем, кто постоянно хотел того, чего не имел. Никакой связи с тюркскими корнями или географическими названиями у этой фамилии нет — это чистый славянский антропоним, построенный на древнем глаголе.