Фамилия Хотунцев напрямую говорит о том, откуда родом был её первый носитель. В её основе лежит прозвище Хотунец, которым в старину называли человека, происходившего из села или городка Хотунь (в старинных документах чаще пишут Хатунь). Такой тип фамилий — по названию места жительства — один из самых древних и естественных: он отвечал на вопрос «чей ты будешь» и «откуда пришёл».

Хотунь находилась в бывшем Коломенском уезде, на левом берегу Оки. История этого поселения уходит в XII век, когда за эти земли спорили рязанские и владимиро-суздальские князья. Тогда здесь возник укреплённый город, который служил оборонительным форпостом Рязанского княжества. Позже, когда левобережье Оки в XIV веке окончательно отошло к Москве, Хатунь уже упоминается в духовной грамоте серпуховского князя Владимира Храброго. В конце того же столетия городок в составе каширского удела отдали «в сидение» бежавшему в Москву казанскому царю Магмет-Амину. К тому времени крепостное значение Хотуни сошло на нет, и в грамоте великого князя Василия III за 1504 год она числится уже как село.

Но и в статусе села Хотунь не затерялась. На протяжении веков она оставалась заметным торговым и ремесленным центром. Здесь жили ткачи, мастера набойки платков, гончары. Особый колорит этому месту придавали фарфорщики — они работали «в отходе», то есть уходили на заработки в другие места, и нередко расписывали изразцы, изготовленные в Гжели. Так что предки Хотунцевых могли быть не только крестьянами, но и людьми ремесленных профессий, тесно связанных с художественными промыслами Подмосковья.

Сам суффикс -ец в прозвище Хотунец — типичный для обозначения жителя по названию местности (сравните: кашинец, коломенец, можаец). Затем, по обычной русской модели, прозвище отца перешло к детям в форме притяжательного прилагательного: Хотунцев сын, внук Хотунца. Так и закрепилась фамилия.

Дополнительным подтверждением того, что фамилия имеет давнюю историю именно в этих краях, служат данные историка С. Б. Веселовского. Он записал Хотунского Степана Андреевича, относящегося к середине XVI века, причём в двух местах — в Коломне и в Твери. Это показывает, что уже тогда люди с этим корнем расселялись за пределы родного уезда, но сохраняли память о своей малой родине в прозвище, а затем и в фамилии. Так и получилось, что потомок человека по прозвищу Хотунец со временем стал носить фамилию Хотунцев.