Фамилия Хотунов образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, то есть изначально это было притяжательное прилагательное: «чей?» — Хотунов, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Хотун. Вопрос в том, что скрывается за основой «хотун».

Самая прямая версия отсылает к диалектному слову «хотун» — в некоторых русских говорах так называли охотника, любителя поохотиться. Слово родственно «хотеть», «охота» в старом значении «желание, страсть». В этом случае прозвище Хотун мог получить заядлый охотник или человек, который сильно чего-то желал, был целеустремлённым и настойчивым.

Менее очевидная, но возможная версия — связь с тюркскими языками. В тюркских наречиях есть корень «хот/кот» со значением «счастье, удача», и «хотун» может означать «счастливчик» или даже «госпожа» (ср. «хатун» — титул знатной женщины у тюркских народов). Однако для фамилии Хотунов с русским суффиксом -ов такое происхождение менее вероятно: скорее всего, основа всё-таки славянская, а тюркское влияние могло быть только в южных регионах, где русские контактировали с тюрками.

Фамилия редкая, в списках частотных русских фамилий она не встречается. Географически может быть привязана к южнорусским областям (Курская, Воронежская, Ростовская губернии) или к Сибири, куда переселенцы принесли диалектные прозвища. В отличие от более массовых фамилий на -ов (Иванов, Петров), Хотунов сохраняет уникальность: носителей мало, и фамилия не «стёрлась» от частого употребления.

Словообразовательно фамилия интересна тем, что основа «хот-» дала в русском языке целое гнездо: Хотов, Хотенков, Хотунцев. Но Хотунов стоит особняком благодаря суффиксу -ун-, который в русских прозвищах часто указывал на деятеля (говорун, ворчун, бегун). То есть Хотун — это человек, который «хочет», стремится, активный. Такое прозвище могли дать не только охотнику, но и просто энергичному, деятельному человеку.

Другие версии — от имени Хот (сокращение от Хотислав или Хотимир) или от названия населённого пункта вроде Хотуново — маловероятны, так как таких топонимов в источниках не зафиксировано. Фамилия, скорее всего, прозвищная и возникла в крестьянской среде, где меткие прозвища закреплялись за родом.