Фамилия Хотунцев напрямую связана с древним городом-крепостью Хатунь (в старом произношении — Хотунь), что стоял на левом берегу Оки в пределах нынешней Московской области. Предка, перебравшегося оттуда на новое место, земляки могли называть Хотунцем — то есть выходцем с Хотуни. Потомки этого человека со временем закрепили за собой прозвищное имя как родовое, и так появилась фамилия Хотунцев.

История самой Хотуни уходит в XII век, когда за эти земли спорили рязанские и владимиро-суздальские князья. Тогда здесь возник укреплённый пункт, служивший форпостом Рязанского княжества. В XIV веке, после того как левобережье Оки прочно отошло к Москве, Хатунь уже фигурирует в духовной грамоте серпуховского князя Владимира Храброго. В конце столетия городок в составе каширского удела отдали «в сидение» бежавшему в Москву казанскому царю Магмет-Амину. К тому времени крепость утратила оборонительное значение и больше напоминала село — именно так её описывает грамота великого князя Василия III 1504 года.

При этом Хатунь не пришла в упадок, а превратилась в заметный торговый и ремесленный центр. Здесь жили ткачи, набойщики платков, гончары. Особый колорит придавали фарфорщики, которые работали «в отходе»: уходили на заработки и нередко расписывали изразцы, изготовленные в соседней Гжели. Так что Хотунцевы могли быть потомками не только крестьян или служилых людей, но и ремесленников, чьи изделия расходились по всей округе.

Сам прозвищный суффикс -ец в основе фамилии типичен для древнейшей пласта славянских фамильных имён, образованных от географических названий. Подобная модель встречается у многих русских родов: тот, кто пришёл из Твери, становился Тверцом, из Рязани — Рязанцем. Хотунцев, таким образом, стоит в одном ряду с этими фамилиями, указывая на конкретную малую родину предка.

Косвенным подтверждением служит запись в трудах историка Степана Веселовского: он упоминает Хотунского Степана Андреевича, середину XVI века, с пометками «Коломна и Тверь». Это говорит о том, что люди с прозванием от того же корня действительно встречались в этих краях, а Коломна находилась неподалёку от Хатуни.

О точном времени возникновения фамилии Хотунцев говорить сложно: фамилии у крестьян и посадских людей закреплялись постепенно, на протяжении нескольких столетий. Но ясно, что корень у неё древний, а сама она — живой след топонимики Подмосковья, сохранивший память о небольшом, но когда-то важном городе, стоявшем на оживлённых торговых путях.