Фамилия Хотенцев происходит от личного прозвища Хотенец и вписывается в распространённую модель русских фамилий на -ец/-ев. Чтобы понять её смысл, разберём основу. Прозвище Хотенец могло указывать на место жительства предка: так могли назвать выходца из города Хотин (Черниговская область) или из русских сёл Хотеново и Хотенцово, что в Ярославской области. Названия этих населённых пунктов, в свою очередь, восходят к собственному имени Хотен, точную этимологию которого учёные не установили.

Наиболее правдоподобная версия связывает имя Хотен с языческим именем, которое давали долгожданному ребёнку — тому, кого родители сильно «хотели». В старину существовал целый пласт подобных имён, описывающих обстоятельства появления младенца на свет: Ждан (ждали), Нечай (появился неожиданно, не чаяли). Имя Хотен стоит в этом же смысловом ряду. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского встречаются исторические фигуры с этим именем: Хотен Борисович Княжнин (вторая половина XVI века), Хотен Андреевич Валуев (1550 год), Хотен Юрьевич Дубровский (казнён в 1570 году в Новгороде). Эти записи показывают, что имя не было редкостью в среде служилых людей того времени.

Суффикс -ец в прозвище Хотенец мог выполнять две функции: указывать на выходца с определённой территории или образовывать уменьшительно-ласкательную форму от имени. В данном случае обе трактовки ведут к одной фамилии: потомок человека по прозвищу Хотенец со временем стал писаться как Хотенцев.

Точное время и место возникновения фамилии назвать сложно — процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и крестьянские семьи часто обретали постоянные фамилии лишь в XIX веке. Однако сам факт, что фамилия сохранилась и бытует сегодня, говорит о её живых корнях в народной культуре.