Фамилия Ховапнец — редкая и неочевидная. Чтобы понять её корни, нужно отбросить привычные русские суффиксы -ов и -ин, потому что перед нами типичная западноукраинская или белорусская модель с суффиксом -ец. Этот суффикс часто указывал на выходца из определённой местности или на человека, связанного с каким-то объектом: «хто з Ховапня» — тот и Ховапнец.

Самая вероятная версия: основа «Ховап-» восходит к названию населённого пункта вроде Ховапня, Ховапь или Ховапов. Такие топонимы могли произойти от диалектного глагола «ховати» — прятать, скрывать, хранить. В украинском и белорусском языках это слово очень распространено. Значит, Ховапня — это «укромное место», «тайник», «захоронка» или даже «лесное убежище». Человек, переехавший из такого места в другую деревню, получал прозвище Ховапнец, которое потом закрепилось как фамилия.

Вторая, менее вероятная версия: фамилия могла образоваться от прозвища Ховап (или Ховапец) — так могли называть скрытного, осторожного человека, который «ховається» (прячется) или умеет хранить тайны. Суффикс -ец в этом случае работает как уменьшительный или принадлежностный: «сын Ховапа».

Географически фамилия тяготеет к Гродненской, Брестской областям Беларуси и к Волыни в Украине. В российских архивах она почти не встречается, что подтверждает её западнорусское происхождение.

По сословной принадлежности Ховапцы — почти наверняка крестьяне или мещане, поскольку фамилии на -ец такого типа редко носили дворяне. В польских метриках XVI–XVIII веков можно найти похожие формы: Chowaniec (от chować — прятать, воспитывать) и Chowańczyk. Ховапнец, вероятно, местный фонетический вариант того же корня, где «н» появилась как вставной звук для удобства произношения.

Коротко: ищите корни в западных землях Беларуси или Украины, а в основе фамилии — слово «ховати» со значением укрытия или тайника.