Фамилия Ховшанов — редкая и с точки зрения словообразования, и по корню. Её основа «ховшан» не встречается в современных русских нарицательных словах, а значит, перед нами либо искажённое заимствование, либо фамилия, образованная от прозвища или имени, не попавшего в литературный язык.

Суффикс -ов указывает на русскую модель образования — «чей?» — то есть Ховшанов буквально означает «сын Ховшана» или «принадлежащий Ховшану». Самая вероятная версия: основа восходит к тюркскому или иранскому личному имени Ховшан. У тюркских народов встречается имя Ховшан (варианты — Хошан, Ховшан), которое может означать «благородный» или «повелитель» (от «хан»). В таком случае фамилия Ховшанов — это русифицированная форма, которую дали предку-носителю этого имени при переходе в русскую среду, например, в казачьих областях или среди крещёных татар.

Менее вероятно, но возможно, что в основе лежит прозвище, связанное с диалектным словом. В южнорусских говорах есть глагол «ховшить» — ворчать, брюзжать, или «ховш» — неуклюжий человек. Однако такая версия слаба: от глагольной основы с суффиксом -ан обычно образуются прозвища (типа «Ховшан»), но они редки и не имеют широкого распространения в документах.

Фамилия встречается преимущественно на юге России, в Ростовской области и Ставрополье, что косвенно подтверждает тюркскую гипотезу: эти земли были зоной активных контактов славян с кочевыми и горскими народами. В дореволюционных метрических книгах Ховшановы могли записываться как «Ховшановъ», а в некоторых случаях — как «Хошанова» (с изменением корня под влиянием украинской фонетики).

Сравнение с однокоренными фамилиями — Ховшанский, Ховшанидзе — показывает, что основа «ховшан» почти не встречается за пределами русского ареала, что делает фамилию локальной и, скорее всего, возникшей в результате адаптации тюркского имени в конкретной казачьей или крестьянской среде.