Фамилия Хожахунова — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает любую другую версию. Основа фамилии указывает на тюркские или кавказские корни, а суффикс -ов/-ева оформляет её по русской паспортной модели, как это массово происходило в XIX–XX веках при записи нерусского населения.

Разбираем слово. Первая часть — «Хожа» — это искажённое или диалектное произношение арабского «ходжа» (хозяин, господин, наставник). В тюркских языках и в исламской культуре Центральной Азии и Кавказа слово «ходжа» означает либо потомка пророка, либо почётное звание учителя, купца или богатого землевладельца. Вторая часть — «хун» — может быть тюркским суффиксом принадлежности или частью личного имени. Но вероятнее всего, «Хожахун» — это сложносоставное имя, где «ходжа» соединено с «хун» (кровь, род, племя) или с «хан» (владыка, князь) в местном произношении. То есть имя могло означать «господин из знатного рода» или «господин-хан».

Наиболее правдоподобная версия: фамилия происходит от ногайского, кумыкского или аварского мужского имени Хожахун (варианты — Ходжахун, Кожахун). В Дагестане, Чечне и среди ногайцев такие имена встречаются до сих пор. Фамилия Хожахунова, скорее всего, закрепилась за потомками человека по имени Хожахун. Это типичная патронимическая модель: «чей?» — Хожахунов, дочь или жена — Хожахунова.

Менее вероятная версия — связь с башкирским или татарским словом «хужә» (хозяин) и «хун» (день, солнце), но она не находит подтверждения в словарях личных имён. Спорных гипотез немного, и все они упираются в то, что «Хожахун» — не нарицательное слово, а именно личное имя, которое и стало основой фамилии.

Сословно фамилия не маркирована: её могли получить и зажиточные горцы, и обычные крестьяне. Встречается она преимущественно на Северном Кавказе, в Ставропольском крае и в среде кавказских диаспор. Носительница фамилии Хожахунова с высокой вероятностью имеет предков из числа народов, говорящих на тюркских или кавказских языках, где имя Хожахун было распространённым мужским именем.