Фамилия Ходжахунов — один из тех случаев, когда для понимания её смысла достаточно знать два слова: «ходжа» и «хун», скрещённые русским суффиксом. Разберём их по порядку.

Основа фамилии — тюркское имя Ходжахун, которое составное. Первая часть, «ходжа» (хожа, ходжа), восходит к арабскому «хваджа» — господин, хозяин, наставник. В исламской культуре это почётное звание: так называли купцов, богатых землевладельцев, а также потомков пророка Мухаммеда (в этом значении слово особенно распространено у народов Средней Азии). Вторая часть, «хун», — персидский компонент, который входит во многие имена (например, Атахун, Назархун) и означает «кровь», но в именослове чаще трактуется как «душа», «сущность» или «рождённый» — то есть усиливает первую часть, делая имя вроде «благородный душой» или «истинный господин».

Таким образом, Ходжахун — это личное имя, которое давали мальчику с пожеланием, чтобы он вырос уважаемым, достойным человеком, возможно, из рода ходжей. А фамилия Ходжахунов образована от этого имени по стандартной русской модели: к основе добавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын» или «потомок». Буквально: сын Ходжахуна.

Фамилия характерна для народов, испытавших влияние тюркских и персидских языков: узбеков, таджиков, каракалпаков, а также для некоторых групп тюркоязычного населения Кавказа. В России она встречается редко, в основном в среде выходцев из Средней Азии. Интересная деталь: в советское время, при паспортизации, многие носители подобных имён получали фамилии именно с русским окончанием -ов, что закрепило форму Ходжахунов, а не, скажем, Ходжахуни или Ходжахунзода, которые были бы нормой в персоязычной среде. Поэтому фамилия — яркий маркер межкультурного контакта: арабо-персидское имя, тюркское посредничество и славянский суффикс.