Фамилия Ходжахунова образована от мужского имени Ходжахун, а оно, в свою очередь, составное. Первая часть — «ходжа» (арабское «хваджа», персидское «ходжа»), что означает «господин», «хозяин», «наставник» или «почтенный человек». В мусульманском мире так называли купцов, богатых людей, а также потомков пророка или духовных лиц. Вторая часть — «хун» — восходит к персидскому «хан» (властитель, князь), тюркский титул. Получается, что имя Ходжахун буквально означает «господин-хан» или «почтенный хан», что подчеркивало высокий статус или знатное происхождение его носителя.

Фамилия Ходжахунова — это женская форма (от Ходжахунов), образованная по русской модели с суффиксом -ов/-ев, который добавлялся к тюркским и восточным именам при интеграции в русскую культуру. Такая модель типична для фамилий народов Средней Азии и Кавказа, попавших в состав Российской империи. Суффикс указывает на принадлежность: «сын (или дочь) Ходжахуна».

Географически фамилия Ходжахунова в основном встречается в Узбекистане, Таджикистане, среди народов, говорящих на тюркских и иранских языках. В России она редка, но может фиксироваться у потомков мигрантов из этих регионов. Сословная принадлежность предков, скорее всего, была связана с духовенством, торговлей или местной знатью, так как имя Ходжахун не давали простолюдинам. В отличие от многих фамилий, где основа угасает, здесь имя-титул сохранило свою семантику: оно не прозвище, а прямое указание на уважаемое положение в обществе.