Фамилия Хожайнов образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Хожайнов образована от прозвища Хожай, которое восходит к глаголу «ходить». Вероятно, такое прозвище получил человек, который очень быстро ходил. Однако, в старину прозвищем Хожай нарекали посыльного, пешего гонца, либо выборного представителя от народа, идущего к важному лицу за помощью. Кроме того, в Архангельской области Хожаем называют нищего. В таком случае, прозвище Хожай указывало на социальное положение его обладателя. Фамилия Хожайнов может быть образована от имени Хожай, которое представляет собой диалектную (возможно, русифицированную) форму персидского мужского имени Ходжа (Хаджи), означающего в переводе «хозяин, владелец, господин», «обладающий большими знаниями, наставник, учитель». Изначально словом «хаджи» назывался почетный титул мусульманина, совершившего хадж (паломничество) в Мекку. Позднее это нарицательное перешло в разряд личных имен. Вероятно, давая своему сыну имя Ходжай (Ходжи), родители надеялись, что он станет состоятельным человеком, достойным мусульманином. О точном месте и времени возникновения фамилии Хожайнов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Хожайнов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.