Фамилия Хреникне — редкий случай в русском ономастиконе. Она не вписывается в привычные модели образования русских фамилий, и её происхождение, скорее всего, нерусское. При первом взгляде бросается в глаза нехарактерное для славянских языков окончание «-не». Если бы фамилия была исконно русской, она звучала бы как Хренов, Хреников или Хренкин. Здесь же мы видим иную словообразовательную модель.

Самый вероятный путь — фамилия имеет немецкие или прибалтийские корни. В немецком языке слово «Kren» (хрен) заимствовано из славянских языков, а суффикс «-ке» часто встречается в уменьшительных формах или в фамилиях, обозначающих род занятий или место жительства. Однако форма «Хреникне» может быть русифицированной записью более длинной немецкой фамилии, например, «Krenik» или «Krenicke». При переезде носителя в Российскую империю (особенно в XVIII–XIX веках, когда в стране было много немецких колонистов и остзейских дворян) фамилию могли записать на слух, добавив характерное русское окончание «-е» или переосмыслив её как «Хреник + не».

Вторая версия — искусственное происхождение. В XIX веке у канцеляристов и семинаристов было принято переделывать «неблагозвучные» фамилии или давать новые. Фамилия Хреникне могла возникнуть как шутливое прозвище, образованное от слов «хрен» и «никнуть» (то есть «поникнуть, как хрен»), но это маловероятно из-за сложности конструкции. Куда правдоподобнее, что это не русская фамилия, а результат адаптации иностранной.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи: Беларуси, Прибалтике, а также к Поволжью, где были немецкие колонии. Встречается она крайне редко, и сегодня её носители в основном живут на постсоветском пространстве. Сословно предки могли быть как крестьянами-переселенцами, так и мещанами или ремесленниками. Точное значение исходного прозвища восстановить сложно, но ясно одно: основа «хрен» указывает либо на растение (возможно, предок торговал им или жил на огороде), либо на переносное значение — упрямый, едкий человек. В немецком варианте «Kren» могло быть и топографическим прозвищем: человек, живший у зарослей хрена.