Фамилия Хрустакова — одна из тех, что образована не от имени или профессии, а от прозвища, данного за сходство с предметом. Основа здесь — слово «хрусталь», причём не в современном значении «стекло с добавлением свинца», а в более широком, диалектном. В разных говорах «хрусталь» или «хрустальщик» могло означать человека с чистым, звонким голосом, либо того, кто занимался изготовлением или продажей стеклянной посуды. Встречалось и переносное значение — так могли назвать человека с «прозрачным», честным характером, или, напротив, иронично — хрупкого, болезненного.

Суффикс -ов- (в женском роде -ова) указывает на типичную русскую модель притяжательных фамилий: «чей?» — Хрустаков, то есть сын или потомок Хрустака. Само прозвище Хрустак — это усечённая форма от «хрустальщик» или прямое заимствование из названия материала. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные образования от названий ремёсел и материалов встречаются часто, но именно «хрустальная» ветвь не так распространена, как, скажем, Стеклов или Стеклянников.

Интересная деталь: фамилия Хрустаков и её женская форма Хрустакова практически не встречается в старых боярских или дворянских списках. Это говорит о том, что предки носителей фамилии, скорее всего, были ремесленниками или крестьянами, получившими прозвище за профессию или внешнюю особенность. В XIX веке фамилия фиксируется в основном в центральных и северных губерниях России, где работали стекольные заводы — например, во Владимирской и Тверской губерниях. Там «хрусталём» называли не только дорогую посуду, но и просто качественное стекло.

Ударение в фамилии обычно падает на второй слог — Хрустако́ва, хотя в некоторых говорах возможно смещение на первый. В современном русском языке фамилия устойчиво ассоциируется с прозрачностью и чистотой, что добавляет ей благозвучия, но исторически её корни — в сугубо бытовом, ремесленном мире.