Фамилия Худайбергонов — пример того, как русская модель фамилии на -ов скрещивается с восточным личным именем. Её основа — арабско-персидское составное имя Худайбергон, где первая часть «Худай» означает «Бог» (в персидском и тюркских языках), а вторая — «бергон» — восходит к глаголу со значением «дал», «дающий». Вместе имя переводится как «Богом данный» или «дарованный Богом», что типично для имён с компонентом «берды/берган» у многих тюркских народов. Фамилия образована по русскому патронимическому принципу: к имени отца добавили суффикс -ов, и получилось «сын Худайбергона».

Интересна география фамилии. Она встречается преимущественно у народов Средней Азии — узбеков, таджиков, отчасти каракалпаков, а также у тех, кто в советское время переехал в другие регионы. В исконной среде имя Худайбергон (или Худайберган) было распространённым, но фамилию в её русской грамматической форме закрепили в документах, когда в XX веке проводилась массовая паспортизация населения. Поэтому у носителей фамилии не всегда есть прямая родственная связь с носителем имени — скорее, это фиксация отчества как фамилии.

Словообразовательный суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформлялась в русской канцелярской традиции, а не внутри тюркской или иранской системы фамилиеобразования. Внутри самих тюркских языков аналогом могло бы быть имя с притяжательным аффиксом (-оглы, -улы, -заде), но здесь выбрана русская модель. Это не редкость для фамилий, возникших в советское время в национальных республиках.

Известных носителей с такой фамилией в общероссийских справочниках немного, что говорит о её относительной редкости за пределами регионов происхождения. Встречаются варианты написания: Худайберганов, Худайбергенов, Худайбергонов — разница в последней гласной (а/о) зависит от местного произношения и записи в паспорте.