Фамилия Худайбергенова происходит от мужского тюркского имени Худайберген, которое буквально переводится как «данный Аллахом». Первая часть имени восходит к казахскому «худай» — «Аллах», вторая — к прилагательному «берген», то есть «данный». Смысл ясен: такое имя давали долгожданному ребёнку, часто первенцу, чьё появление родители считали подарком свыше, настоящим счастьем для семьи.

Сама фамилия образована по классической для русского языка модели: к основе имени добавили суффикс -ов и окончание -а. Так что Худайбергенова — это буквально «дочь или жена человека по имени Худайберген». Мужской вариант фамилии — Худайбергенов.

Имя Худайберген широко бытует у казахов и других тюркских народов Центральной Азии. Оно входит в пласт традиционных имён, которые подчёркивали религиозную принадлежность и одновременно выражали благодарность за пополнение в семье. Подобные имена с корнем «худай» встречаются и в других фамилиях региона, например, Худайбердиев или Худайназаров, но у каждой своя история.

Формирование фамилий у тюркских народов шло постепенно и завершилось в основном в советский период, когда документальная фиксация имён стала обязательной. Поэтому точно сказать, когда именно и в каком ауле возник род Худайбергеновых, можно только после отдельного генеалогического исследования. Зато бесспорно другое: фамилия сохранила память о далёком предке, которого нарекли именем, полным надежды и веры. Передаваясь из поколения в поколение, она и сегодня остаётся живым свидетельством семейной истории.