Фамилия Худайбергенова образована от казахского имени Худайберген, которое переводится как «данный богом». Именем Худайберген могли назвать долгожданного ребёнка, возможно, первенца, появление которого стало для семьи большим счастьем, то есть ценным подарком свыше. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Худайбергеновых можно лишь на основании генеалогических исследований. Так и представитель рода Худайбергеновых может по праву гордиться своей фамилией как ценным источником семейной истории: передаваясь из поколения в поколение, фамилия по сей день хранит память о происхождении человека. Фамилия Худайбергенова образована от мужского тюркского имени Худайберген. Первая часть восходит к казахскому «худай» - «Аллах». Вторая часть ведет свое начало от казахского прилагательного «берген» - «данный». Таким образом, буквально имя Худайберген переводится как «данный Аллахом». Таким образом, потомок человека, которого звали Худайберген, со временем получил фамилию Худайбергенова.