Фамилия Худайберганов образована от имени Худайберган, диалектного варианта мужского тюркского имени Худайберген. Первая часть восходит к казахскому «худай» - «Аллах». Вторая часть ведет свое начало от казахского прилагательного «берген» - «данный». Таким образом, буквально имя Худайберген переводится как «данный Аллахом». Таким образом, потомок человека, которого звали Худайберган, со временем получил фамилию Худайберганов.