Фамилия Худайбергенов образована от казахского имени Худайберген, которое переводится как «данный богом». Именем Худайберген могли назвать долгожданного ребёнка, возможно, первенца, появление которого стало для семьи большим счастьем, то есть ценным подарком свыше.