Фамилия Худинов звучит как типичная русская фамилия на -ов, но её основа вызывает вопросы. Если отбросить суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»), остаётся основа Худин. А она может восходить к двум разным источникам.

Первый и самый очевидный путь — через крестильное имя. В святцах встречается редкое имя Худ (с ударением на у), греческого происхождения, означающее «путеводитель» или «вождь». От него через форму Худа (Худя) образовались фамилии Худов, Худяков, и с уменьшительным суффиксом -ин — Худин. Соответственно, Худинов — это «сын Худина», то есть внук человека по имени Худ. Такой вариант поддерживается моделью образования многих русских фамилий от канонических имён.

Второй, более прозаичный вариант — от прозвища Худя, Худой. В старину «худым» называли не только тощего человека, но и бедного, слабого, незнатного. Прозвище было распространённым, и фамилии Худяков, Худов, Худяев встречаются часто. Худин в этом ряду — редкая форма, но возможная: суффикс -ин мог присоединиться к основе Худя, дав Худин, а затем Худинов. Однако здесь есть тонкость: обычно от прозвища Худой образуются фамилии на -ов (Худов), а на -ин — скорее от имени на -а (Худа).

Географически фамилия Худинов не привязана к какому-то одному региону, но встречается в южнорусских областях и на Урале, что характерно для фамилий, образованных от прозвищ, а не от редких церковных имён. Более правдоподобной выглядит версия с именем Худ: она объясняет необычную форму Худин (не Худов) и редкость фамилии. В любом случае, предок носителя этой фамилии получил своё прозвание либо по имени, которое сегодня забыто, либо по внешности или положению — «худой человек».