Фамилия Худинова — женская форма фамилии Худинов, и её ключ к происхождению лежит в мужском прозвище или имени Худан. Основа здесь — корень «худ-», который в русских говорах многозначен. Чаще всего его связывают со словом «худой» в старом значении — не только «тощий», но и «плохой», «негодный», «слабый». Однако прозвище Худан могло означать и «бедняк», «неудачник» — так нарекали не в обиду, а как оберег, чтобы злые силы обходили стороной того, кого назвали «плохим».

Суффикс «-ин» в фамилии Худинова указывает на принадлежность: «чей?» — Худанов, то есть сын или потомок Худана. По этой модели образованы тысячи русских фамилий от прозвищ и имён, оканчивающихся на согласный. Стоит заметить, что форма Худинова встречается и в осетинской среде, где фамилии на «-ов/-ев» и «-ин» также распространены, но там основа могла быть иной — например, от тюркского или иранского корня. В русском контексте версия с прозвищем Худан остаётся основной и правдоподобной.

География фамилии Худиновых не широкая, но устойчивая. По данным переписей и архивов, носители сосредоточены на Северном Кавказе, особенно в Кабардино-Балкарии и Северной Осетии, а также в казачьих областях юга России — Ставрополье, Ростовской области. Это может говорить о смешанном происхождении: часть Худиновых — потомки русских переселенцев, часть — русифицированные фамилии горских народов. В XIX веке фамилия фиксировалась среди терских казаков, что добавляет ещё один слой: прозвище Худан могло закрепиться за человеком невысокого роста или слабого телосложения.

Однокоренные фамилии — Худяков, Худов, Худенко — показывают, что корень «худ-» был продуктивным в разных регионах. Но Худинова стоит особняком из-за суффикса «-ин», который в данном случае не от имени на «-а» (как в фамилии Худин), а от прозвища на твёрдый согласный. Такое написание — Худинова, а не Худанова — могло закрепиться из-за аканья: в южнорусских говорах «Худан» произносили как «Худин», и так записали в документах. В итоге фамилия несёт отпечаток и народной речи, и местных традиций имянаречения.