Фамилия Худовина — женская форма, образованная от мужской фамилии Худовин, которая, в свою очередь, стоит в ряду «нехороших» фамилий, построенных по модели «Худов» (как Худяков, Худоногов, Худошин). Её основа — древнерусское прозвище Худой, которое в старину означало вовсе не физический недостаток. В говорах и документах XIV–XVII веков «худой» — это прежде всего бедный, неимущий, слабый силой или положением человек. Наши предки не стеснялись таких прозвищ: в писцовых книгах встречаются Худые, Худенькие, Худышки — и это не оскорбления, а бытовые идентификаторы, часто дававшиеся без злого умысла.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Худовин — буквально «сын Худого» или «человек из рода Худого». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ и мирских имён, оканчивающихся на -а/-я (Худой → Худов → Худовин). В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречаются у великорусов на севере и востоке, -ин более характерен для центральных областей России, включая старые московские земли. Встречается Худовина и в южнорусских регионах, но реже.

Интересно, что фамилия эта не массовая, а редкая. В дореволюционных метрических книгах она фиксируется в основном в Тверской, Смоленской и Калужской губерниях — там, где в прошлом было много обедневших крестьян и однодворцев. Скорее всего, предки носителей фамилии были крестьянами или посадскими людьми, а прозвище Худой закрепилось за кем-то, кто вёл скромное хозяйство или был небогат.

Ошибочно связывать фамилию со словом «худой» в значении «тощий»: в русской ономастике телесная худоба почти никогда не давала фамилий, потому что это состояние временное и не служило устойчивым признаком. Правдоподобнее версия о социальном статусе. Если же прозвище возникло в среде казачества или на окраинах, оно могло означать «плохой, негодный» — но для центральной России такая трактовка маловероятна.

В современном русском языке фамилия Худовина воспринимается как редкая и немного неблагозвучная, но с точки зрения истории она — точный слепок средневековой социальной градации, где «худой» значило «простой, незнатный».