Фамилия Худинская — женская форма фамилии Худинский, которая образована по типичной для восточнославянских фамилий модели с суффиксом -ск- (-ский/-ская). Эта модель указывает на территориальную или топонимическую основу: такую фамилию получали выходцы из места, носившего название Худино, Худин или Худово. Подобные названия нередки в России и Беларуси — например, деревни Худино есть в Тверской и Вологодской областях. В основе названия, скорее всего, лежит некалендарное прозвище Худя, Худой — в древнерусском языке «худой» означало не только «тощий», но и «бедный», «слабый», «незначительный». Так могли прозвать человека невысокого роста, худощавого или небогатого.

Вторая версия, менее вероятная, но допустимая: фамилия могла быть образована от имени Худя — уменьшительной формы от Худор, Худаш, которые в свою очередь восходят к крестильному имени Феодор (в народной форме Хведор). В этом случае фамилия прошла через цепочку: Феодор → Хведор → Худя → Худин → Худинский. Однако такая цепочка сложна и встречается реже, чем прямая топонимическая связь.

Суффикс -ск- в фамилиях на -ский/-ская традиционно маркировал дворянское или шляхетское происхождение в Речи Посполитой и на западнорусских землях, но в XIX веке он стал массово использоваться в духовенстве и среди крестьян, особенно при записи в метрические книги. Поэтому носители фамилии Худинская могли быть как потомками мелкой шляхты, так и выходцами из крестьян или мещан, получившими фамилию по месту жительства.

Фамилия редкая, встречается в основном в северо-западных регионах России и в Беларуси. В написании с окончанием -ская она указывает на женщину, поэтому в исторических документах её носительницами были женщины, а мужская форма — Худинский. В современном употреблении фамилия не склоняется, если принадлежит женщине, и склоняется по падежам, если речь о мужчине (Худинского, Худинскому).