Фамилия Худойкулова — яркий пример того, как тюркское имя и русский суффикс встретились в одной фамилии. Её основа — мужское имя Худойкул, которое состоит из двух частей. Первая — «Худай» (в разных тюркских языках: Худа, Кудай, Ходай), что означает «Бог», «Всевышний». Вторая часть — «кул» — переводится как «раб» или «слуга». В сумме имя Худойкул дословно означало «раб Божий» — типичная для исламского мира формула смирения и преданности, аналог арабского имени Абдулла.

Фамилия образована по классической русской модели: к основе добавили суффикс -ов и окончание -а (для женщины). То есть Худойкулова — это женская форма, а мужская — Худойкулов. Такая схема (тюркское имя + русский патронимический суффикс) массово встречается у татар, башкир, казахов, узбеков и других народов, которые входили в состав Российской империи. Фамилию фиксировали в документах при переписях или призыве в армию, давая русское окончание к уже привычному имени.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог: Худойкулова́, хотя в быту возможны варианты. Само имя Худойкул сегодня почти не встречается как личное — оно осталось только в фамилиях, что делает эту фамилию своеобразным архивом дореволюционной антропонимии. Географически носители фамилии чаще всего встречаются в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также в Узбекистане и Таджикистане — там, где имя было распространено.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ов, где основа легко читается как русское слово (Кузнецов, Попов), здесь основа явно иноязычная. Это сразу указывает на этническое происхождение семьи, но не обязательно на сословие — «раб Божий» могло быть именем и крестьянина, и муллы, и ремесленника. Специфических сведений о дворянском или купеческом происхождении этой фамилии нет, что говорит о её народных, а не аристократических корнях.