Фамилия Худойкина — женская форма, а мужская, Худойкин, образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или имени через суффикс принадлежности -ин. Суффикс -ин в таких фамилиях указывает на принадлежность к кому-то: «чей?» — Худойкин, то есть сын или потомок Худойки. Основа здесь — «Худойка», а не просто «худой», и это ключевой момент.

Слово «Худойка» — это не фамилия, а прозвище или уменьшительно-уничижительная форма от прилагательного «худой». В русских говорах «худой» означало не только «тощий», но и «плохой», «негодный», «слабый», «бедный». Прозвище Худойка могли дать человеку за внешность (худоба), за характер (недобрый, злой) или за социальное положение (бедняк). Формант -к- в прозвище — типичный для русских именований суффикс субъективной оценки, часто с оттенком пренебрежения или просто фамильярности, как в именах Ванька, Митька.

Фамилия Худойкин — сравнительно редкая. Она относится к числу «прозвищных» фамилий, которые возникали в крестьянской и посадской среде, где человека легко «награждали» метким словом за какой-то заметный признак. В сословном плане носители такой фамилии почти наверняка были крестьянами или мещанами — дворянские роды с основой «худой» практически не встречаются, поскольку это противоречило бы статусу.

Географически фамилия тяготеет к центральным и поволжским регионам России. Встречается она и в формах с ударением на второй слог — Худо́йкин, и на первый — Ху́дойкин, что может указывать на разное происхождение: в первом случае основа — «худой», во втором — могло сыграть роль диалектное произношение. Интересно, что у фамилии есть «родственники» — Худяков, Худенёв, Худов. Все они восходят к тому же корню, но Худойкин стоит особняком из-за суффикса -к-, который выдает именно прозвищное, а не патронимическое (от крестильного имени) происхождение.