Фамилия Худян — редкий случай, когда корень слова не имеет прямого отношения к внешности, хотя и вызывает такое предположение. Основа здесь не «худой» в смысле «тощий», а древнее имя-прозвище Худя (или Худяй). В старину на Руси «худым» называли не только человека с недостатком веса, но и бедняка, слабого, незнатного — то есть того, кто «худ» по положению или достатку. Однако в основе фамилии Худян чаще лежит не качество, а сокращённая форма крестильного имени, например Федул (через народное Худя) или Михей (Худяк). Такие уменьшительные имена были обычны в быту, а потом закреплялись за потомками без всякой связи с первоначальным значением.

Суффикс -ян указывает на восточнославянское, в первую очередь украинское или южнорусское происхождение. В украинской ономастике -ян (как и -енко) — типичный патронимический формант, означающий «сын такого-то» или «потомок». Фамилии на -ян особенно часты в Черниговской, Полтавской, Харьковской губерниях, а также на Кубани, куда переселялись малороссы. Модель образования простая: от имени или прозвища Худя (Худь) через притяжательное прилагательное — Худян, то есть «Худин сын». Со временем окончание застыло, и фамилия перестала склоняться как прилагательное.

В русском языке есть параллельные фамилии с тем же корнем: Худов, Худяков, Худяшов. Но Худян стоит особняком — она не на -ов/-ев, а на -ян, что выдаёт её украинские или южнорусские корни. Если носитель фамилии из центральной России, скорее всего, его предки переселились с Украины или Дона. Встречается также армянский вариант Худян (с ударением на последний слог), но это отдельная фамилия, образованная от армянского имени Худо или топонима, и не связанная со славянским прозвищем.

Сословная принадлежность предков Худян могла быть любой: от крестьян до казаков. Никаких документальных свидетельств о дворянском происхождении этой фамилии нет. В XIX веке носители фамилии фиксируются в метрических книгах Полтавской губернии, а также среди кубанских казаков. Сегодня фамилия встречается редко, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска — круг возможных предков довольно узок.