Фамилия Худяев образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Худяй восходит к слову «худой» - «тот, кто худ телом, худощавый, поджарый и бледный, хилый, болезненный на вид, опалый». Однако Худяем не обязательно называли истощённого человека. Гораздо чаще прозвище Худяй давали бедняку. Также не исключено, что фамилия Худяев образована от «охранительного» имени Худяй. Но для того, чтобы не искушать судьбу и отвести зло, ребёнку давалось имя со значением прямо противоположным тому, чего ожидали или желали родители для детей. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Худяй, со временем получил фамилию Худяев. О точном месте и времени возникновения фамилии Худяев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Худяев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.