Фамилия Худяев происходит от прозвища Худяй. В его основе лежит прилагательное «худой», но смысл у этого прозвища был шире, чем просто описание внешности. Худяем называли не только человека, который был худ телом, бледен и болезнен на вид. Гораздо чаще это прозвище закреплялось за бедняком, неимущим крестьянином, у которого «худая» — то есть скудная, пустая — мошна.

Существовала и другая традиция наречения, связанная с этим корнем. Родители могли специально дать ребёнку «охранительное» имя Худяй. Считалось, что если назвать дитя именем со значением бедности и немощи, то злые духи не позарятся на него, и настоящая судьба сложится благополучно. Это типичный пример обережной практики, когда имя с отрицательным смыслом служило щитом от сглаза и притягивало к человеку обратное — здоровье и достаток.

Сам суффикс -ев указывает на древнюю притяжательную форму: Худяев буквально означает «сын Худяя», «ребёнок человека по прозвищу Худяй». Такая модель образования типична для русских фамилий, сформировавшихся в XV–XVII веках в среде служилых людей и крестьянства. Стоит заметить, что форма с суффиксом -ев (а не -ов) закрепилась потому, что основа прозвища оканчивалась на мягкий согласный — «й».

Важно отличать эту фамилию от однокоренных, но других по происхождению: Худяков, Худов, Худобин. Если Худяков и Худяев — «сыновья» одного и того же прозвища, то Худобин образован от прилагательного «худоба» в значении «худой человек», а Худов — напрямую от слова «худой». Таким образом, Худяев — одна из ветвей большого семейства фамилий, связанных с этим древним корнем, который в старорусском языке имел значения «бедный», «скудный», «плохой», «тощий».