Фамилия Худынин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей: от прозвища или имени на -ыня с помощью притяжательного суффикса -ин. Основа здесь — Худыня. Это прозвище, скорее всего, описывало внешность или характер человека: «худой» в древнерусском языке значило не только «тощий», но и «плохой, незначительный, слабый». Впрочем, в диалектах слово «худыня» могло иметь и более конкретное значение — «бедняк, неимущий человек». Таким образом, первый носитель прозвища Худыня мог быть либо человеком субтильного телосложения, либо тем, кого в обществе считали «худым» в смысле низкого социального статуса.

Модель на -ыня встречается реже, чем на -я или -а, что делает фамилию Худынин заметной среди однокоренных. Сравните с фамилиями Худин (от Худя) или Худяков (от Худяк) — они образованы от других суффиксальных вариантов того же корня. Если Худин мог возникнуть от имени Худя (краткая форма от Худослав или другого составного имени), то Худыня — это скорее уличное прозвище, которое закрепилось за родом. Суффикс -ыня придаёт основе оттенок ласкательности или, наоборот, уничижительности, в зависимости от контекста.

Географически фамилия Худынин не является сверхраспространённой, но встречается в центральных и северных областях России. По данным переписей XIX века, носители фамилии фиксировались, например, в Вологодской и Костромской губерниях — регионах, где активно бытовали прозвищные фамилии, не связанные с духовенством или дворянством. Это указывает на крестьянское или мещанское происхождение рода.

В ономастической литературе фамилия Худынин не получила обширного комментария, но её разбор укладывается в общие закономерности, описанные Б. Унбегауном в «Русских фамилиях»: прозвища, характеризующие внешность или имущественное положение, часто становились фамилиями через суффикс -ин. При этом основа Худыня могла быть и формой канонического имени Федул (в народном произношении Худул), но такая версия менее вероятна из-за отсутствия фонетических переходов, типичных для диалектов.

В итоге фамилия Худынин — это типичный пример «говорящей» фамилии, которая прямо указывает на прозвище предка. Её носитель мог быть либо худощавым человеком, либо бедняком, но точное значение утрачено вместе с контекстом, в котором прозвище дали.