Фамилия Хуищенко — один из тех случаев, когда первая реакция на звучание обманчива. На самом деле её корни уходят в украинскую ономастику, и никакого отношения к обсценной лексике она не имеет. Основа фамилии — производная форма от канонического имени Феодосий (в народном варианте Хведос, Хведь, Хуид) или от имени Фома (в просторечии — Хома). В украинских говорах начальное «хв» или просто «х» часто заменяло литературное «ф»: так Хведос превращался в Хуида, а уменьшительная форма дала прозвище Хуищ(а) — «сын или потомок Хуида».

Суффикс «-енко» — типичный для восточноукраинских фамилий патроним, указывающий на «сына» или «потомка». То есть Хуищенко буквально означает «сын Хуища» или «принадлежащий роду Хуищей». Такая модель образования фамилий была особенно распространена в Левобережной Украине, на Полтавщине и Черниговщине, в среде казачества и крестьянства. В реестрах Войска Запорожского можно найти аналогичные фамилии с той же основой, но в написании Хведищенко или Хведосенко.

Из-за неблагозвучного для русского уха сочетания букв фамилия нередко подвергалась искажению при переписях и в документах. В XIX веке, при переселении украинских крестьян в южные губернии Российской империи, носители фамилии могли сознательно менять написание на более «приличное» — например, на Хуищенко (с ударением на «и») оставалось, но в быту чаще произносили с ударением на «е»: Хуище́нко. Встречались и варианты Хуищенков, Хуищенковский, а также Хведищенко.

Сословно фамилия не была элитарной: её носители — в основном потомки казаков, мещан или государственных крестьян. Никаких дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или «Гербовнике» не зафиксировано. По данным современных генеалогических баз, Хуищенко — редкая фамилия, сосредоточенная в основном в Харьковской, Полтавской и Сумской областях Украины, а также среди потомков переселенцев в Краснодарском крае и Ставрополье.