Фамилия Кихтянин — один из тех редких случаев, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает прозвищное. Её основа — не имя и не ремесло, а топоним, причём, скорее всего, украинского или южнорусского корня.

Суффикс -янин указывает на принадлежность к месту, жителя определённой местности. Это старая модель: римлянин, египтянин, а в русских фамилиях — Полоцканин, Можаянин. Кихтянин, таким образом, исходно означало «житель (выходец) из Кихти». Где находится или находилась эта Кихта — вопрос. Наиболее вероятно, что это село или хутор с названием Кихта, Кихти, которые могли существовать на территории современной Украины (например, в Черниговской или Полтавской областях) или в южных регионах России. Следы таких названий встречаются в исторических документах, хотя сегодня они могут быть переименованы или исчезнуть.

Менее вероятная, но допустимая версия — происхождение от прозвища Кихтя. В украинских говорах «кихтя» или «кихтень» могло означать нечто взъерошенное, торчащее, возможно, клок волос или пучок. Тогда прозвище мог получить человек с неопрятной, торчащей шевелюрой. Однако суффикс -янин для прозвищной фамилии нетипичен — он почти всегда указывает на географию.

Фамилия чрезвычайно редкая. Она не попала в основные сводные словари русских фамилий (Унбегауна, Никонова), что говорит о её узколокальном бытовании. Носители Кихтянины, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних сёл, где когда-то существовала Кихта. Встречается фамилия преимущественно на юге России и востоке Украины, что подтверждает версию о топонимическом корне.