Фамилия Кинжабаева — редкая, с ярко выраженной тюркской основой. Она почти наверняка восходит к мужской форме Кинжабай, которая, в свою очередь, сложена из двух частей: «кинжа» и «бай».

Первая часть, «кинжа», — это искажённое или диалектное произношение тюркского слова «кенже» (младший, последний ребёнок). В казахском, киргизском, башкирском и других тюркских языках «кенже» — это ласковое именование младшего сына или дочери. Вторая часть, «бай», — широко распространённый компонент тюркских имён, означающий «богач», «хозяин», «господин», а в прошлом — просто состоятельный, уважаемый человек.

Таким образом, имя Кинжабай (или Кенжебай) буквально значило «младший богатырь» или «младший господин». Часто его давали младшему сыну в семье, подчёркивая его особое положение — наследника, которому достанется отцовское хозяйство. Это типичная модель для казахской, киргизской, отчасти башкирской и татарской антропонимии. Фамилия Кинжабаева образована по русскому патронимическому суффиксу -ев (вариант -ов после мягкой основы), который присоединили к основе Кинжабай. Получается: Кинжабаев — «сын Кинжабая», а Кинжабаева — женская форма.

Географически фамилия Кинжабаева чаще всего встречается среди казахов, реже — у башкир и татар. В русских переписях она фиксируется в Оренбургской, Астраханской областях и в регионах Северного Казахстана, куда в XIX веке активно переселялись тюркские народы. Сословно предки носителя фамилии почти наверняка относились к крестьянам или казачьему сословию, но могли быть и мелкими торговцами, если «бай» понимать буквально.

Есть и другая, менее вероятная версия: основа «кинжа» может быть связана с персидским словом «ханджар» (кинжал), через тюркское посредничество. Тогда имя Кинжабай означало бы «богач, владеющий кинжалом» или «острый, как кинжал». Но эта гипотеза слабее, поскольку в тюркской ономастике компонент «кенже» встречается в десятках имён (Кенжебек, Кенжегул, Кенжехан), а «ханджар» в личных именах почти не фиксируется.

В русском языке фамилия сохранила тюркское звучание, но потеряла родовую мягкость: в идеале по-казахски она писалась бы как Кенжебаева, но из-за особенностей кириллической записи и устной передачи «е» перешло в «и». Так что Кинжабаева — это не ошибка, а адаптированная форма, закрепившаяся в документах.