Фамилия Кинжитаев — редкая и неочевидная. В ней нет привычного славянского суффикса -ов/-ев, а вместо него стоит -ев, что указывает на тюркское происхождение. Если разобрать её по составу, основа «Кинжитай» плюс русский патронимический суффикс «-ев», который в данном случае прикрепили к тюркскому имени или прозвищу. Фамилия образована по модели, характерной для народов Поволжья, Урала и Сибири, где русская администрация записывала местное население по отчеству: «чей сын?» — «Кинжитаев», то есть сын Кинжитая.

Самая вероятная версия происхождения имени Кинжитай связана с тюркским словом «кинжик» или «кенже» — «младший», «последний ребёнок». В казахском, киргизском, башкирском и татарском языках «кенже» означает младшего сына или младшую дочь. Суффикс -тай в тюркских именах часто служил уменьшительно-ласкательным или выделительным показателем, образуя личные имена (сравните: Кенжетай, Кинжетай). Таким образом, Кинжитай — это «младшенький», «последыш», ласковое прозвище для младшего ребёнка в семье, которое затем закрепилось как имя.

Фамилия Кинжитаев географически тяготеет к регионам с тюркским населением — к Оренбургской области, Башкортостану, Татарстану, а также к Казахстану. Встречается она нечасто, что говорит о локальном бытовании. Возможно, предки носителя этой фамилии были башкирами, татарами или казахами, получившими русскую фамилию при переписях или при переходе в оседлость. В некоторых говорах слово «кинжик» могло означать не только «младший», но и «маленький, короткий», что тоже могло стать основой для прозвища.

Менее правдоподобна версия, связывающая фамилию с калмыцким или монгольским «кинжи» — «шёлк». В этом случае Кинжитай мог означать «шелковый», но такая гипотеза слабее, так как суффикс -тай в монгольских языках скорее образует прилагательные, а не имена, и фамилия была бы распространена в другом ареале. Поэтому версия с «младшим ребёнком» остаётся основной.

Социально фамилия Кинжитаев не несёт дворянского оттенка. Она из числа так называемых «народных» фамилий, которые фиксировали положение человека в семье или его внешние черты. Носитель этой фамилии может с большой вероятностью считать, что его предки жили в тюркоязычной среде, а сама фамилия — это память о младшем сыне, которого в семье ласково называли Кинжитаем.